Ermeni ortaçağ mimarisinin özgün örneklerinden biri olan kilisenin 17. yüzyılda inşa edildiği tahmin ediliyor. Ancak bazı kaynaklar yapımının daha da eskiye, 11. ve 12. yüzyıllara kadar uzandığını gösteriyor. Geçmişte keşişlerin yaşadığı hücreleri ve zengin süslemeleriyle bilinen manastır kompleksi, günümüzde ne yazık ki harabe halinde. Kilise içinde metrelerce derinlikte çukurlar oluşurken, keşiş hücreleri tamamen yıkılmış; geriye sadece temel izleri kalmış durumda.
Kaderine terk edilen yapının duvarlarında yer alan kitabeler, 13. ve 17. yüzyıllarda restorasyon çalışmaları yapıldığını ortaya koyuyor. Aynı dönemlerde önemli el yazmalarının üretildiği ve kilise bünyesinde bir skriptoryum (el yazmaları üretim alanı) bulunduğu biliniyor. Ayrıca 16. yüzyılın ikinci yarısında burada yaşayan iki Ermeni şair keşişten birinin adının Yeğya olduğu da tarihî belgelerde yer alıyor.
Yukarı ve aşağı olmak üzere iki bölümlü bir manastır yapısına sahip olan komplekste, günümüze sadece kilisenin salon kısmı ulaşabilmiş durumda. Ancak bu bölüm de büyük oranda tahrip edilmiş. Zorlu doğa koşulları ve yalnızca patika yollarla yaya olarak ulaşılabilen konumuna rağmen yapı, her yıl yerli ve yabancı birçok ziyaretçinin ilgisini çekmeye devam ediyor. Tüm yıkıma rağmen Saint Stefanos Kilisesi (Surp Stefanos Manastırı), Van’ın kadim kültür mozaiğinde hâlâ ayakta kalmayı sürdüren nadir örneklerden biri olarak tarihe sessizce tanıklık ediyor.